Книга Фантом памяти Александра Маринина рассказывает о главном герое, который после серьезной травмы головы потерял память. С утра он не может вспомнить ни событий своей жизни, ни даже основные факты, связанные с ним самим. Герой находится в больнице, пытаясь восстановиться, при этом его состояние осложняется амнезией, которая мешает ориентироваться в собственной жизни и окружающем мире. Потеря памяти становится отправной точкой повествования и основной проблемой, вокруг которой строится сюжет. После травмы герой возвращается домой, где старается собрать информацию о себе и понять, что с ним произошло. Он пытается восстановить события, связанные с его личной и профессиональной жизнью, обрабатывая документы и книги, которые раньше писал или читал. В этот период происходит столкновение с множеством фактов из его прошлого, среди которых отношения с семьей, финансовые вопросы, взаимодействие с издателями и сотрудниками. Главный герой постепенно осознает сложность своих связей и учитывает, что большая часть информации могла быть им забыта или искажена под воздействием травмы.

Параллельно с попытками восстановить память и понять себя, главный герой сталкивается с угрозами, связанными с материалами, которые ему удалось собрать. В его записках и документах содержатся сведения о коррупции и других проблемах, касающихся местной милиции и влиятельных лиц. Это вызывает у него опасения за собственную безопасность и заставляет задуматься о том, как обращаться со своими знаниями и как избежать возможных последствий. Возникает конфликт между желанием раскрыть правду и необходимостью защитить себя и своих близких. В процессе восстановления герой поддерживается семьей и помощницей Муся, которая помогает организовать документы и следить за связями с внешним миром. Его эмоциональное состояние и физическое здоровье влияют на ход событий, а попытки разобраться с прошлым приводят к осознанию ряда сложных решений. Герою приходится выбирать между открытостью и осторожностью, а также принимать шаги для восстановления контроля над своей жизнью. В финале книга оставляет главную тему в фокусе: воздействие травмы на личность и необходимость преодоления последствий для возвращения к нормальной жизни.