«Инквизитор Тьмы» Алексея Шмакова рассказывает о Викторе Алексеевиче Добрынине, главе имперской инквизиции, который оказался в сложной и противоречивой ситуации. Он обладает уникальной способностью контролировать как силы света, так и силы тьмы, но при этом не подчиняется ни одной из сторон. В силу этого он фактически нейтрален и может использовать преимущества обеих сил без ограничений, что вызывает недовольство как светлых, так и тёмных магов. Сюжет начинается с того, что Виктор пытается сохранить свою личную тайну и не раскрывает свои способности окружающим, опасаясь репрессий и скандала. Действие развивается вокруг конфликта между Виктором и силовиками империи, в первую очередь с князем Мышкиным, который возглавляет отдел по надзору за инквизицией. Князь ведёт расследование в отношении Виктора и его подразделения, обвиняя их в нарушениях и чрезмерной жестокости при борьбе с тёмными магами. Вместе с этим возникают внутренние проблемы в управлении и контроле за инквизицией, а также необходимость принимать жёсткие решения относительно подозреваемых в колдовстве.

Ситуация осложняется враждебным отношением князя Мышкина, чьё влияние и личные мотивы делают противостояние более опасным для главного героя. Чтобы справиться с возникающими угрозами, Виктор организует собственные операции по контролю и уничтожению тёмных магов, используя как свою власть главы инквизиции, так и боевые силы под своим командованием. Он тщательно планирует действия, чтобы не допустить утечки информации о своих способностях и контролирует безопасность на своей территории, применяя различные методы защиты. В ходе событий он сталкивается с необходимостью подавлять мятежи и улаживать конфликты с другими магическими и силовыми структурами, одновременно справляясь с физическим и моральным напряжением. Главной темой произведения становится выбор и роль человека, который не принадлежит ни к одной из традиционных сторон магического конфликта. Виктору приходится искать баланс между светом и тьмой, принимать самостоятельные решения вне рамок установленных правил и сталкиваться с последствиями своей независимости. В конечном счёте сюжет подводит к вопросу о том, как сохранить свою свободу и контроль в условиях давления и внешних угроз, сохраняя при этом собственные принципы и цели.