Равнение на знамя Александра Александровича Бушкова описывает работу спецназа в условиях борьбы с террористическими угрозами. Главным героем является полковник, который возглавляет операцию по поиску и нейтрализации боевиков в одном из населённых пунктов. Сюжет начинается с напряжённого моментa, когда спецназ осуществляет обыск, пытаясь найти скрывшихся противников и выявить тайники с оружием. Полковник сталкивается с необходимостью тщательно проверять каждого жителя и все помещения во дворе, чтобы исключить присутствие врагов. Главная задача — найти спрятанные взрывчатки и предотвратить возможный теракт. В процессе операции накапливается информация о персонажах, связанных с боевиками, а также об их планах, которые могут затрагивать не только Кавказ, но и европейскую часть страны.

В центре внимания находится конфликт между суровыми требованиями руководства спецназа — брать врагов живыми, чтобы получить ценные сведения, и риском потерять контроль над ситуацией. Герою приходится балансировать между выполнением приказов и реалиями боевых действий, где из-за высоких ставок не всегда удаётся избежать потерь. Дополнительно возникают сложности с обеспечением безопасности и организацией штурма тщательно замаскированных убежищ. Главным итогом является необходимость принимать ответственные решения в условиях неопределённости и угрозы со стороны противника. Полковник и его команда должны обеспечивать не только физическую ликвидацию врага, но и сбор разведданных для предотвращения новых атак. В книге раскрывается важность дисциплины, стратегии и выдержки в работе спецназа на фоне современных вызовов борьбы с терроризмом.