Сорок шестая зарубка Елены Владимировны Долговой рассказывает о событиях в жизни главного героя по имени Эли. Он сирмиец, чья личность после вмешательства медицинских технологий претерпела изменения, в том числе появился высокий уровень эмпатии. После тяжелого периода восстановления и участия в боевых действиях он возвращается на Землю, где пытается вести более спокойную жизнь. Однако прошлое и сложные обстоятельства не дают ему полностью уйти от конфликтов. Сюжет начинается с того, что Эли оказывается втянут в военный конфликт на планете Сирма. Там проходят боевые операции против повстанцев, между которыми замешаны разные кланы и политические силы. Эли переживает предательство со стороны близких ему людей, сталкивается с попытками казни и взрывными ситуациями на поле боя.

Его физическое состояние и внутреннее состояние находятся под контролем врачей, которые отмечают необычные изменения в его личности. В ходе развития событий Эли оказывается спасен от гибели технологически продвинутыми союзниками с Терры и становится участником сложных военных и политических маневров. Его действия влияют на судьбы многих людей, и он сам принимает участие в спасательной операции, за что ведет учет как о количестве спасённых, так и о числах погибших, стараясь сбалансировать счёт. Отношения с другими персонажами, в том числе с Крами, имеют важное значение для сюжета и влияют на дальнейшие решения героя. В книге также раскрываются трудности жизни после войны, когда герой пытается найти свое место в мире, не всегда доброжелательном к нему. Он сталкивается с необходимостью контролировать свои эмоциональные реакции и делать выборы, которые воздействуют не только на него, но и на окружающих. Заканчивается повествование ожиданием возможного прощания с близкими и попытками предотвратить разлуку, отражая главную тему личного баланса между прошлым и настоящим.