«Череп в небесах» автора Ника Перумова начинается с описания главного героя, который возвращается домой на остров Новый Крым после долгого отсутствия. Он оказывается в напряжённой обстановке: на острове идет вооружённое противостояние между повстанцами и имперскими силами. Главный герой сталкивается с необходимостью принимать сложные решения и участвовать в боевых действиях, удерживая связь с союзниками и оценивая обстановку. Сюжет развивается вокруг событий мятежа в Новом Севастополе и других населённых пунктах острова. Главному герою приходится проникать в горные районы, которые контролируют повстанцы, и организовывать прорыв на Голубое, где ожидают суда для вывоза уцелевших. Он наблюдает за подготовкой и действиями различных групп сопротивления, оценивает степень их вооружённости и организацию, а также учитывает угрозу со стороны имперской армии, которая использует артиллерию и авиацию. Основные конфликты складываются из столкновения повстанческих сил с имперскими войсками, проблем взаимодействия между различными группами повстанцев и угрозы со стороны оккупантов и переселенцев.

Главный герой отмечает, что повстанцы привыкли бороться в условиях, когда против них выступает практически весь мир, и пытается найти эффективные способы продолжать сопротивление, несмотря на плохое вооружение и численное превосходство врага. Он сталкивается с необходимостью вести переговоры, принимать риски и обеспечивать безопасность своих товарищей. В процессе развития сюжета герой осуществляет разведывательные действия на заброшенных заводах, планирует операции и сталкивается с неожиданными изменениями в ситуации на фронте. Ему приходится адаптироваться к новым условиям и учитывать психологическое состояние бойцов, которые оказались в замешательстве после поражений. Все происходящее заставляет главного героя делать непростые выборы и оценивать шансы на успех мятежа, учитывая сложные политические и военные обстоятельства. Заканчивается повествование акцентом на важности правильного понимания ситуации и необходимости сохранять решимость в условиях борьбы. Главный герой готовится к дальнейшим действиям, осознавая, что впереди остаются сложные испытания и борьба за выживание в условиях широкомасштабного конфликта между империей и повстанцами на острове Новый Крым.