Наруто: Система хаоса — это фанфик в жанре реалрпг и сказки, написанный автором Терон. Главный герой истории — Дмитрий Соколов, который после смерти в своем прежнем мире оказывается в новом, знакомом для него мире с опасностями и боевыми навыками. Его сознание перенесено в тело новорожденного мальчика по имени Ямасиро Кенджи. Система хаоса активируется в момент рождения Кенджи и начинает влиять на его развитие. Система предлагает Кенджи выбор из трех категорий способностей раз в год, что задает направление его роста и тренировок. В окружающей среде мир находится в состоянии относительного мира после Первой войны шиноби, но есть напряжение и риск новых конфликтов на границах. Кенджи растет в семье, члены которой имеют особые навыки и привычки, обеспечивающие безопасность и контроль.

Герой наблюдает за миром и учится, постепенно привыкая к новым условиям и правилам. Основным элементом сюжета становится развитие Кенджи, его освоение возможностей системы и превращение в опытного следопыта и бойца. На пути возникают задачи, связанные с пониманием своей природы и способностей, а также с взаимодействием с другими персонажами, включая друзей и потенциальных врагов. Присутствует внутренний конфликт героя, который пытается совмещать свой прежний опыт с требованиями новой жизни и системы. Кенджи сталкивается с необходимостью выбора, который влияет на его способности и возможности, а также с вопросами контроля над собой и восприятием окружающего мира. Происходит постепенное формирование его особых навыков, связанных с элементами природы и управления чакрой, что отражается на его действиях и отношениях с окружающими. В конце повествования внимание сосредоточено на его способности найти баланс между системой и своей внутренней сущностью, что определяет дальнейший путь героя.