«Опричник-4. Канцелярия Государственной Безопасности» Дмитрия Бурова и Станислава Кемпфа продолжает рассказ о жизни главного героя, который является опричником — членом специальной службы, связанной с охраной и обеспечением безопасности в мире с множеством мистических и опасных явлений. На момент начала повествования герой оказывается в сложных обстоятельствах, сталкиваясь с новыми вызовами и угрозами, связанными с исследованиями и конфликтами между мирами. Сюжет развивается вокруг научных экспериментов и исследований рифтовых Сердец — мистических объектов, играющих ключевую роль в понимании природы Рифтов и Брешей, которые представляют собой порталы между мирами. Корнелиус, напарник главного героя и учёный, занимается изучением этих явлений, стремясь развить и углубить знания о их эволюции и механизмах. Его эксперименты вызывают непонимание и напряжение, поскольку требуют использования энергии Нави, энергии, обладающей особой силой, которая не всегда безопасна.

В ходе истории герою приходится балансировать между служебным долгом и необходимостью поддерживать работу учёного, который может дать ключ к пониманию угроз. Возникают внутренние и внешние конфликты, связанные с необходимостью продолжения исследований и соблюдением присяги опричника. Герой сталкивается с моральными и практическими дилеммами, так как решение продолжать эксперименты сопряжено с рисками, но отказ от них может привести к непредсказуемым последствиям в борьбе с монстрами и другими опасностями. Основной конфликт строится на взаимодействии между научным поиском и военной службой, где главному герою предстоит принимать решения, влияющие на дальнейшую судьбу трёх миров и результаты борьбы с разрушительными силами. В финале подчёркивается важность выбора между безопасностью и развитием знаний, а также роль главного героя как связующего звена между исследовательской деятельностью и деятельностью Государственной Безопасности.