«Проект Валькирия» Эльхана Аскерова рассказывает о профессоре Дугласе, ученом, который работает над лекарством от болезни Альцгеймера. В начале истории его разработки используются в другом направлении — для создания препарата с опасными побочными эффектами. Главный герой оказывается вовлечен в секретный проект, который имеет отношение к устранению нежелательных лиц по указанию правительства. Это кардинально меняет цель его исследований и ставит его в сложное положение. Сюжет начинается с того, что подопытные препарата, изначально взятые из числа заключённых, проявляют необычные боевые способности. Появляются опасения по поводу контроля над ними и последствиями. Дуглас узнает, что его работа используется для обучения агентам, способным выполнять устранение мафиозных главарей, политиков и бизнесменов, которые не подчиняются властям. Это ставит профессора перед выбором между моральными принципами и принятием новой реальности своего проекта. В дальнейшем Дуглас встречается с агентами и руководителями проекта и получает дополнительные сведения о масштабе операции.

Он понимает, что разработка и испытания ведутся с широким применением, и рискует быть раскрытым. Тем временем продолжаются испытания и обучение подопытных, сопровождающиеся конфликтами между сотрудниками и сторонними службами. Главный герой постепенно вовлекается в политические игры и понимает, что проект окажет влияние на разные уровни власти. Проблемы, с которыми сталкивается Дуглас, связаны с этическими дилеммами, необходимостью сотрудничества с правительством и опасностью личной безопасности. Ему приходится принимать решения по участию в проекте, подчинению контролю кураторов и поиску возможности скрыть своё участие. В конце повествования профессору предлагается заняться новой задачей, которая обещает прервать текущие работы, но оставляет открытым вопрос о будущем и последствиях его научных изысканий. Главная тема книги — взаимодействие науки и власти в условиях секретных проектов, где личные убеждения и научные цели сталкиваются с требованиями внешних структур. История показывает, как главный герой адаптируется к ситуации и ищет пути решения, учитывая сложные моральные и политические обстоятельства.