Прототип 2.0 | Часть IV авторства Александра Диденко продолжает развивать сюжет, в центре которого находится Сайто — опытный проходчик S-класса, погружённый в сложные политические и личные интриги. Сайто сталкивается с необходимостью возврата пропавшего Юки, обладающего уникальной способностью исцеления, что делает его ключевой фигурой в международных конфликтах и научных исследованиях. Действие начинается с того, что Сайто получает информацию о тайной лаборатории, где исследуется кровь прототипа два-ноль, и узнаёт о влиянии различных сторон, заинтересованных в контроле над Юки и атрибутами его силы. Одновременно он вынужден взаимодействовать с мощными фигурами Ассоциации, включая Азура и Аткинсона, у которых собственные планы и мотивы. Ситуация осложняется внутренними подозрениями, борьбой за власть внутри организации и угрозой раскрытия тайн, которые могут изменить баланс сил. Основные события связаны с попытками Сайто и его союзников разобраться в причинах исчезновения Юки, выяснить правду о конфликте между разными расами и найти способ проникнуть в иной мир через разлом.

Герой сталкивается с необходимостью делать непростые выборы относительно доверия к окружающим и применения скрытых ресурсов в условиях постоянного риска. При этом давление со стороны врагов, а также внутренние разногласия среди союзников создают значительные препятствия на его пути. В ходе развития сюжета Сайто проводит переговоры, собирает информацию и планирует действия, направленные на спасение Юки и сохранение стабильности внутри Ассоциации. Центральными оказываются вопросы влияния и ответственности, а также поиск баланса между личными интересами и задачами, поставленными перед героем. Финальное внимание уделяется тому, как принятые решения влияют на дальнейшее положение главных персонажей и общее состояние мира.