Книга Прозрачные витражи написана Сергеем Лукьяненко и повествует о главной героине по имени Карина Опекина. Она присутствует в необычной виртуальной реальности, которая называется «глубиной». Карина занимается проверкой тюрем и наблюдением за заключёнными, используя виртуальные технологии. Её окружает мир, в котором реальное и виртуальное тесно связаны, и где границы между ними часто размыты. Сюжет начинается с того, что Карина оказывается в виртуальной тюрьме, где происходит необычное событие — взаимодействие с программой, моделирующей заключённого и его виртуальных питомцев. Это вызывает вопросы и сомнения в истинности происходящего и подлинности её документов. Постепенно выясняется, что у Карины нет официальных документов, подтверждающих её существование в системе, и этим фактом заинтересовывается другой персонаж, Томилин, который пытается понять, кто она на самом деле. Основная линия развивается вокруг поисков Кариной собственной идентичности и борьбы с системой, которая не признаёт её существование.

В ходе рассказа она сталкивается с различными аспектами виртуального мира, такими как компьютерные преступления, психологические эксперименты, а также с внутренними конфликтами и сложностями принятия реальности. Герою приходится делать выбор между сохранением своей позиции в «глубине» и попытками выйти на свет, доказать свою правоту и найти своё место в настоящем мире. Конфликты в книге связаны с борьбой за существование в виртуальном пространстве, расследованием событий, связанных с преступностью и наказанием, а также с внутренним поиском и сомнениями самой Карины. Решения, которые принимает главная героиня, отражают её стремление понять себя и окружающую её реальность. В конечном счёте, сюжет концентрируется на вопросах личной идентичности, границ между настоящим и виртуальным, а также на необходимости осознанного выбора пути в условиях размытости и неопределённости мира. Прозрачные витражи затрагивает тему свободы и контроля в цифровой среде, проблемы принятия себя и взаимодействия с системой, в которой человек может как быть защищён, так и стать жертвой. Карина проходит через сложные испытания, в ходе которых она ищет ответы на главные для неё вопросы, связанные с настоящей сущностью и местом в мире.