Сюжет книги Сквозь Тьму и… Тьму автора Романа Валерьевича Злотникова и Антона Краснова начинается с описания надвигающейся катастрофы, угрожающей разрушением планеты. Главный герой, по имени Леннар, занимает высокое положение — он Второй Конструктор и глава Гвардии Разума, что показывает его важность в обществе. Его положение осложняется тем, что он становится объектом подозрений и преследований со стороны религиозных властей купола, которые обвиняют его в создании запрещённого проекта «Врата в бездну». Ситуация развивается в условиях опасности для всего мира и надвигающейся нестабильности. Началом основного действия становится арест Леннара и его помещают в подземное узилище храма. Здесь он сталкивается с недоверием и враждебностью со стороны жрецов и их подчинённых. Ему предъявляют обвинения в ереси и строительстве чего-то, что противоречит запретам богов и традициям предков. Несмотря на угрозу смертного приговора, Леннар не соглашается с выдвинутыми обвинениями и остаётся на своей позиции, подтверждая свои достижения в инженерии и проектировании.

В этот момент в его судьбу вмешивается верховный жрец Зембер XV, который предлагает Леннару помощь, несмотря на свой высокий статус и враждебное отношение к герою. В дальнейшем сюжет показывает внутреннюю борьбу Леннара с властью Храма и Цензоров, которые следят за порядком и строго контролируют знание и правду. Леннар вынужден участвовать в странных и напряжённых процедурах, а также взаимодействовать с толкователем Караалом, который проявляет к герою неоднозначное отношение. Через эти события раскрывается сложная структура власти в обществе и конфликт между наукой, религией и личными убеждениями. Герой сталкивается с неоднозначными решениями, которые должны повлиять на его дальнейшую жизнь и судьбу всего сообщества. В конце описываемого фрагмента Леннар оказывается в затруднительном положении между угрозой казни и необходимостью сотрудничества с влиятельными фигурами. Основная тема книги — это противостояние новых знаний и запретов, поиск путей выживания в условиях грядущей катастрофы и столкновение личных убеждений с системой. Сюжет держит внимание на выборах героя и вызовах, которые ему приходится преодолевать в сложной обстановке.