В центре сюжета книги Тайна Примы. Контакт автора Валерия Лебедева находится ученая, которая готовится к экспедиции к планете Прима. После одного инцидента, произошедшего во время предыдущей миссии на шаттле «Ласточка», главная героиня получила финансирование на новую экспедицию. Ей предстоит отправиться на планету с обновленным оборудованием, оснащенным современными приборами и средствами безопасности. В команду добавляется загадочный пассажир – представитель древней исчезнувшей цивилизации примианцев. Главная героиня сталкивается с необычным попутчиком – примианцем по имени Расальгети. Он отличается от людей внешне и имеет другие жизненные взгляды. Несмотря на предупреждения и ограничения на полеты к Приме из-за биологической угрозы, он присоединяется к миссии с целью остановить другую группу, которая уже направляется на планету.

Эта группа состоит из семьи Расальгети, выживших представителей одного из влиятельных домов Примы, которые хотят вернуться на родную планету. Сюжет строится вокруг подготовки к полету, взаимодействия главной героини с новым пассажиром и ожидания встречи с судьбой планеты Прима. В книге описываются ограничения на исследования и путешествия из-за существующей угрозы, а также неоднозначное отношение к неизвестному технологии и жителям Примы. Конфликт возникает между желанием узнать правду и требованиями безопасности, а также между разными мотивациями участников экспедиции. Главному герою приходится решать, как действовать в условиях неопределенности и опасности. Необходимость принять участие в миссии, несмотря на риски, и попытки понять мотивы примианца создают основу для развития сюжета. Особое внимание уделяется вопросу, что важнее: столкнуться с неизвестной формой жизни или осознать последствия прошлых ошибок разумных существ. Книга заканчивается акцентом на необходимости сделать выбор в сложной ситуации, связанной с судьбой Примы и ее обитателей.