«Черные начала. Том 12» автора Кирико Кири продолжает повествование о главном герое, который находится в сложной и опасной ситуации, связанной с противостоянием различных сил в мире. Его путь начинается с прощания с близким человеком, с которым связывали дружеские и товарищеские отношения, после чего герой оказывается перед необходимостью двигаться дальше по неизвестной дороге. В сложных обстоятельствах он сталкивается с необходимостью защищать тех, кто ему дорог, и принимать решения, от которых зависит их безопасность. В ходе повествования герой и его спутники оказываются на старом морском судне, которое становится их временным укрытием и средством для продолжения пути. Несмотря на языковой барьер и отсутствие общего языка с командой, конфликтов удаётся избежать, и появляется возможность переформатировать отношения, ориентируясь на общие цели. В непростых условиях герой пытается понять с кем имеет дело и как наладить взаимодействие, что требует от него терпения и способности к компромиссу. Кроме внешних испытаний, герой сталкивается с внутренними проблемами — осознанием потерь, переживаниями утраты товарищей и необходимостью совладать с пустотой и тоской, которые остаются после трагических событий.

Ему предстоит похоронить погибших, собраться с силами и подумать о дальнейших шагах. Эти моменты заставляют героя переосмыслить свое место в происходящем и понять, что теперь он принадлежит к новой группе, с которой придётся взаимодействовать на общем уровне. Важная часть сюжета связана с историей мира, в котором разворачиваются события, и с войной между разными сторонами, в том числе между чёрными и белыми началами. Герой получает сведения о том, что война возникла из-за опасений потери равновесия, и понимает, что в этой борьбе играют роль не только внешние противники, но и внутренние конфликты, охватывающие и те силы, которые ранее были союзниками. Весь комплекс этих обстоятельств требует от героя принятия сложных решений, влияющих не только на его судьбу, но и на судьбу окружающих. Сюжет подводит к тому, что главному герою предстоит сделать выбор и действовать в условиях неопределённости и опасности. Ему нужно найти пути для защиты своих союзников и обеспечить их безопасность, одновременно разбираться в политических и социальных изменениях мира вокруг. Тема борьбы за свободу, смены альянсов и сохранения своего внутреннего мира остаётся центральной на протяжении всей книги.