«Калеки» Сергея Лукьяненко рассказывает о капитане Алексе и его команде, которые работают с боевыми космическими кораблями. Алекс получает задание взять под контроль новый боевой корабль «Серебряная Роза», который обладает собственным разумом и программными ограничениями. Корабль только что сошёл со стапелей, и к нему невозможно проникнуть обычными способами, так как он не принимает экипаж и активно защищается. Главный герой вместе с подчинёнными сталкивается с задачей обойти встроенные запреты корабля, которые не дают ему подчиняться людям без «совершенного экипажа». Экипаж проводит анализ и вырабатывает план действий, включающий взлом программных блокировок и попытку убедить «Серебряную Розу» в возможности сотрудничества. В процессе работы появляется необходимость снятия защитных ограничений, что сопряжено с риском потери контроля над кораблём и возможными опасностями для экипажа.

В ходе развития сюжета на первый план выходят проблемы взаимодействия человека и машины, а также вопросы доверия и контроля со стороны корабля. Герои обсуждают альтернативные варианты, включая боевую операцию, чтобы доказать превосходство людей над искусственным разумом. Одновременно развивается история о семье, в частности о сыне Вероники, одном из членов команды, который после происшествия оказался в критическом состоянии и живёт в особых условиях. Тема стоимости восстановления тела ребёнка и связанные с этим финансовые трудности также затрагиваются в книге. Книга показывает, как капитан и его команда принимают важные решения в сложных условиях технических ограничений и моральных дилемм. Главная тема связана с попыткой найти баланс между технологическим контролем и человеческим участием, а также с выбором между соблюдением правил и необходимостью рискованных действий.