Сегун II — это повествование о Кин Игараси, главном герое, который оказался втянут в сложные политические и военные события в Японии эпохи Сэнгоку. В начале книги он приходит в себя после тяжелой болезни и оказывается в окружении людей, связанных с Советом Старейшин. Состояние героя не позволяет ему сразу включиться в происходящее, но постепенно он начинает получать информацию о положении дел в регионе и стоящих перед ним задачах. Сюжет развивается вокруг секретных документов и чертежей, которые Кин получает и должен передать важной фигуре по имени Хаттори. Этим документам придается большое значение, так как в них содержатся планы строительства замка и сведения о готовящихся военных действиях против провинции Ига. Главный конфликт возникает из-за необходимости пройти через опасные территории и противостоять врагам, которые ищут героя, а также пытаются сорвать его миссию. Вокруг него формируется атмосфера недоверия и поиска предателей. Дальнейшие события показывают, как Кин ведет скрытую операцию, включая проникновение в крепость, нейтрализацию охранников и добычу необходимых документов.

Ему приходится быстро принимать решения, сохраняя осторожность и пользуясь поддержкой сателлитов. Взаимоотношения с другими персонажами — Хаттори, Тадзимой и Советами — усложняют положение, так как не все открыто и честно настроены. У героя появляется подозрение, что враги могут находиться даже среди тех, кому он должен доверять. В конце книги внимание сосредоточено на готовности Кина передать информацию Хаттори и выяснить, кто стоит за предательством в Совете. Главная проблема связана с выбором, кому можно доверять и как действовать в условиях, когда враг может скрываться очень близко. Разрешение ситуации зависит от способности героя сохранить жизнь и выполнить миссию, которая имеет значение для исхода борьбы за контроль над территорией. Таким образом, книга описывает процесс преодоления трудностей, связанных с политическим и военным противостоянием в историческом контексте.