Полная передача «Организации Гелена» из-под американского управления под юрисдикцию правительства ФРГ, возглавляемого первым федеральным канцлером Конрадом Аденауэром, произошла лишь в апреле 1956 года. Это стало возможным после принятия ФРГ в члены НАТО и подписания договора о взаимной обороне с США 5 мая 1955 года. Шеф ЦРУ Аллен Даллес ценил Гелена, о котором говорил, что у него ум профессора, сердце солдата и чутьё волка. С 1956 по 1968 годы Райнхард Гелен, будучи президентом БНД, стал рыцарем Мальтийского ордена. Мальтийский орден всегда играл важную роль в религиозно-политической и финансовой жизни Запада, осуществляет связь между Ватиканом и англосаксонскими спецслужбами — ЦРУ и МИ-6. 6 декабря 1947 года Организация Гелена переехала в пригород Мюнхена — Пуллах (так называемый городок Рудольфа Гесса) и располагалась в здании под вывеской «Организация южногерманского промышленного развития». Р. Гелен вспоминал, что вплоть до 1956 года не существовало возможности охватить сотрудников государственным страхованием, так как формально работодателя не существовало. Проект разработан архитектором Родерихом Фикком. Заказчик и застройщик — руководитель Штаба заместителя фюрера Мартин Борман:

Образцовый жилой комплекс состоял из скромно оформленных отштукатуренных домов с вальмовыми крышами и ланцетными окнами со ставнями. Здание руководителя штаба представляло собой представительную виллу. На первом этаже размещались помещения для совещаний, музыкальная комната, столовая и библиотека. На верхнем этаже находилась квартира руководителя штаба. В посёлке подготовили квартиру-бункер «Зигфрид» для фюрера, которая сохранилась до настоящего времени. Также здесь разбили сад, устроили мастерские и гаражи для транспорта, имелось жильё для водительского персонала и домашней обслуги. Жилые дома отделили друг от друга забором для соблюдения приватности.

Большинству людей и в будущем неизвестно, что Гелен, кроме американцев, снабжал сведениями Ватикан. Гелен сам неоднократно совершал служебные командировки в Рим. Вообще, действия католической церкви красной нитью проходят через полотно новейшей истории шпионажа. Гелен, сам не будучи католиком, просто поступал так же, как и другие разведки, направив своё внимание на Ватикан. Когда он захотел получить личную аудиенцию у Папы Пия XII, её устроили для него в течение нескольких дней. Его сводный брат, псевдоним Джованни, получил должность секретаря директора Мальтийского ордена. Это являлось продолжением контактов между нацистами и Ватиканом. Они, например, еженедельно платили шифровальщику Ватикана 100 долларов, чтобы тот сообщал им краткое содержание охватывающих весь мир тайных донесений папского нунция.