Книга С архимагом во главе 2 Макса Крынова рассказывает о молодом маге Нильяме, который оказывается вовлечён в сложные события в магической школе и вокруг неё. Главный герой переживает период значительных перемен после того, как в его теле поселился дух архимага Апелиуса. С этого момента жизнь Нильяма меняется — он получает новые способности, сталкивается с внутренними и внешними препятствиями, а также начинает понимать, как устроена школа и её политическая обстановка. Сюжет начинается с того, что Нильям выходит из оцепенения после ритуала переселения архимага, и теперь он вынужден учиться управлять новыми силами и принимать решения в непростой среде. Апелиус действует через Нильяма, создаёт сеть информаторов и заказчиков, что меняет жизнь в школе. Поведение героев и обстановка вокруг заметно усложняются: появляются опасности, интриги и перемещения внутри школы, а также признаки надвигающихся конфликтов между магами и другими силами. Основные события связаны с тем, как Нильям адаптируется к новой роли и пытается справиться с контролем, который оказывает на него Апелиус. Он начинает получать задания, доставлять артефакты, поддерживать контакты с разными персонажами, но при этом сталкивается с потерей информации о ближайшем окружении архимага.

Кроме того, в школе усиливается напряжённость — из-за возможных военных действий и сложных внутрискольных отношений. Нильям при этом старается сохранить независимость и принять для себя оптимальные решения, чтобы выжить и добиться успеха. Главные конфликты связаны с борьбой за власть внутри школы, необходимостью скрываться и сохранять контроль над информацией, а также с внутренними проблемами героя, который разделяет своё сознание с архимагом. Нильяму приходится выстраивать стратегию в условиях опасности и неопределённости, а также укреплять свои навыки, чтобы оставаться конкурентоспособным и защищённым. Он понимает, что его свобода ограничена, и что каждый шаг может повлиять не только на него самого, но и на судьбу школы. В завершении главный акцент сосредоточен на том, как Нильям учится жить в новой ситуации, сочетая в себе и свои личные качества, и возможности архимага Апелиуса. Ему предстоит сделать выбор между контролем и самостоятельностью, обучением и противостоянием внешним угрозам. Это требует от героя сосредоточенности и умения быстро реагировать на изменения, чтобы сохранить своё положение и сохранить школу в условиях надвигающейся нестабильности.