«Софья. Другой мир 3» Нины Ахминеевой рассказывает об событиях, происходящих вокруг главной героини Софьи Изотовой. После смерти главы рода Изотовых, которой стала Софья, её семья оказывается в сложной ситуации. Смерть Софьи оставляет под опекой её сестёр-близняшек Александру и Елизавету, а также вызывает необходимость организовать управление родом и решение бытовых и юридических вопросов. Сюжет начинается с момента, когда Софья умирает от внезапного сердечного приступа. Её супруг и близкие пытаются справиться с потерей и устроить уход за детьми. В этой ситуации Екатерина Юрьевна Тимирязева, близкая подруга семьи, берётся за опеку над дворянками, но процедура оформления опеки сопряжена с бюрократическими трудностями. Тем временем глава рода отсутствует, и другие члены семьи и слуги пытаются наладить взаимоотношения и совместное управление имуществом и делами семьи.

Главные конфликты разворачиваются вокруг необходимости сохранения власти и порядка в роду Изотовых, а также эмоционального и юридического сопровождения сирот. Герои сталкиваются с ограничениями, связанными с отсутствием официальных документов и с внутренними разногласиями между военными и гражданскими, пытающимися найти общий язык. В сложившейся обстановке приходится принимать непростые решения по тимчасовому управлению и адаптации детей к новым условиям. Параллельно развивается линия контактов героев с внешним миром, а именно с городскими и административными структурами, что добавляет дополнительных проблем. В личной жизни героев появляется напряжённость, связанная с прошлым и зависимостями, что требует поиска поддержки и доверия. Одновременно с этим старая аристократическая семья оказывается вплетена в современные реалии, где старые отношения и новые обстоятельства требуют пересмотра привычных моделей поведения. В итоге история фокусируется на том, как герои пытаются адаптироваться к утрате, организовать управление имуществом и опеку над детьми, а также наладить совместное принятие решений. Всё это происходит на фоне личных испытаний и необходимости выстраивать отношения в условиях изменившегося мира.