Главная героиня книги Тайны академии драконов, или Ведьма под прикрытием Ирины Агуловой — молодая девушка, которая становится студенткой академии драконов. После многих сложностей ей удаётся пройти отбор и получить статус адепта, но при этом у неё нет собственных магических сил, что ставит её в непростое положение внутри учебного заведения. Для сокрытия своих особенностей она вынуждена использовать зелье, подавляющее её магию, чтобы избежать лишнего внимания и неприятностей. Сюжет начинается с поступления героини в академию, где ей приходится адаптироваться к новой среде, взаимодействовать с другими студентами и преподавателями, а также разбираться в тонкостях устройства учебного процесса. В академии существуют разделения по видам магии и расам, что становится причиной напряжённых отношений среди учащихся. Вводится новая политика, согласно которой учебное заведение становится межрасовым, и в нём могут обучаться не только драконы, но и представители других магических народов, включая дроу и ведьм. Основные события разворачиваются вокруг попыток героини сохранить своё прикрытие, освоиться в академической жизни и справиться с конфликтами, возникающими из-за предубеждений и социальных барьеров.

Она сталкивается с трудностями отношения сверстников, необходимости следовать строгим правилам и неоднозначной позиции преподавателей. Одновременно разворачивается дискуссия о природе магии, различиях между светлой и тёмной магией, а также опасностях, связанных с магией бездны, которая способна влиять на сознание даже сильных магов. Главные конфликты связаны с внутренними барьерами в академии, предубеждениями против новых студентов и столкновениями различных взглядов на роль и возможности магии. Герою приходится выбирать, как вести себя в такой сложной обстановке, какие опасности следует учитывать и как сохранить собственную безопасность и положение в учебном заведении. Помимо учебы и социальной адаптации, ей приходится сталкиваться с более широкими угрозами, которые касаются будущего мира и требуют объединения светлой и тёмной магии для преодоления неизведанных опасностей. В итоге повествование сосредоточено на жизни и испытаниях молодой ведьмы, которая старается выжить и учиться среди разных магических существ, скрывая свои способности, одновременно пытаясь понять и принять новые правила и вызовы академии. Тема выбора и поиска своего места в сложной системе становится ключевой для развития главного персонажа и дальнейшего продвижения сюжета.