«Темные туннели» Сергей Валентинович Антонов описывает жизнь главного героя Анатолия — человека, который раньше был командиром боевого подразделения, а теперь превратился в одиночку в опасных условиях московского метрополитена после катастрофы. Его окружает разрушенный мир, где его товарищи либо мутировали, либо погибли, а вместе с этим ему приходится сталкиваться с предательствами и личными потерями. Сюжет начинается с того, что Анатолий оказывается втянутым в сложные события в туннелях метро, где теперь каждое действие связано с личной борьбой за выживание. Главным импульсом для развития событий становится необходимость героя действовать самостоятельно, потому что его прежние цели и задачи потеряли смысл. Туннели метро, которые раньше казались ему знакомыми и безопасными, теперь изменчивы и опасны, порождая новые угрозы в лице мутантов и непредсказуемых явлений. Анатолий сопровождает группу людей, среди которых есть и новые знакомые, а также перебежчики с других станций, что создает напряжённость и подозрительность. В этих условиях герою приходится ориентироваться не только в физическом пространстве, но и в отношениях с окружающими.

В ходе повествования Анатолию приходится сталкиваться с многочисленными сложностями. Ему необходимо преодолеть внутренние и внешние конфликты: сохранить доверие или хотя бы контроль над сопровождающими, противостоять мутантам, справиться с предательствами и принять решения, которые влияют на судьбу не только его самого, но и людей вокруг. Одновременно с этим проявляется тема установки новых приоритетов — от прежних общих идеалов к личной борьбе за выживание и сохранение человечности в жестких реалиях Метро. В итоге действия героя складываются вокруг преодоления ловушек мутирующего подземного мира и вызовов, связанных с изменчивостью туннелей. Ему приходится искать баланс между необходимостью выполнять задачи и личными чувствами. Сюжет концентрируется на том, что даже в условиях разрушенного мира остро стоит вопрос выбора между спасением себя и сохранением моральных ориентиров. Книга фокусируется на попытках человека адаптироваться к новым обстоятельствам, где прошлые связи и идеалы уступают место личной ответственности и инстинкту выживания.