Главным героем произведения является чайка по имени Джонатан Ливингстон. Он отличается от остальных чаек тем, что не ищет еды, а стремится узнать больше о полете и освоить новые техники. Джонатан проводит много времени, практикуясь и улучшая свои навыки, несмотря на то, что другие чайки не понимают и осуждают его стремление. Эта разница вызывает у него отчуждение от своего сообщества. Сюжет развивается после того, как Джонатан продолжает заниматься полётами, выходящими за рамки привычного. Его желание овладеть новыми умениями становится причиной конфликта со стаей. В результате его исключают из сообщества.

Герой сталкивается с одиночеством, но не отказывается от своих целей, он продолжает совершенствоваться и осваивает необычные навыки, включая возможность управлять временем и пространством. Джонатан встречает учителя по имени Чианг, который помогает ему развивать способности и углублять знания о полёте. Под его руководством герой постигает более сложные техники и начинает понимать более широкий смысл своего существования. Это обучение открывает перед Джонатаном новые горизонты и подталкивает его к осознанию важности понимания и любви, а не только мастерства. В финальной части Джонатан возвращается к своей стае, чтобы помочь другим чаям открыть для себя новые возможности. Его опыт и знания становятся основой для изменения взглядов сообщества. Основной темой книги является путь к самосовершенствованию через труд и настойчивость, а также преодоление ограничений, наложенных обществом.