Книга «Подземные воды» Ильи Скалина начинается с описания главного героя Влада Рокота. Он устал от городской жизни и переезжает в деревню, где приобретает старый дом. Влад намерен начать новую спокойную жизнь, свободную от суеты и шума города. Его интересы — литература и музыка, он предпочитает проводить время с книгами и гитарой. Дом требует обустройства, и Влад постепенно представляет, как будет его обустраивать. Сюжет начинает развиваться, когда Влад сталкивается с необычными событиями, происходящими вокруг него. Он наблюдает странные явления, связанные с мистикой и пугающими образами. В частности, его посещают кошмары и видения, которые заставляют задуматься о скрытых силах, влияющих на окружающий мир. Влад не боится мистики, наоборот, его тянет к неизвестному, хотя он и старается оставаться рациональным.

Его отношение к прочитанным историям и реальным событиям меняется по мере развития сюжета. Параллельно с внутренними переживаниями Влада, развивается история с загадочной ведьмой в деревне. Дом с заколоченными окнами и таинственные события вокруг него вызывают у героя беспокойство и любопытство. Он наблюдает за этим местом, но при этом старается оставаться сдержанным и не увлекаться страхами. Жизнь в деревне дешевле, что позволяет Владу не спешить с поиском работы и сосредоточиться на своих интересах, но ему предстоит столкнуться с необходимостью решения бытовых и личных вопросов. Главные конфликты книги связаны с борьбой между рациональностью и мистическими явлениями, а также с поиском своего места в жизни вне городской среды. Влад оказывается вовлечён в события, которые выходят за рамки обыденного, и ему приходится принимать решения, связанные с принятием или отрицанием потустороннего. Его выбор отражает отношения человека с незнакомым и непонятным, с попытками сохранить спокойствие в непривычной обстановке. К концу книги сохраняется напряжение между привычным и странным, что остаётся ключевой темой повествования.