Книга Чекист. Южное направление Евгения Шалашова сосредоточена на деятельности сотрудников советской Чрезвычайной комиссии (ВЧК) в период Гражданской войны и ранних лет Советской России. Главным героем выступает Владимир Иванович Аксенов, сотрудник ВЧК, который вынужден работать в сложных условиях борьбы с врагами новой власти и шпионами. Его назначают начальником различных подразделений, что сразу ставит его перед необходимостью быстро принимать ответственные решения и действовать в опасной обстановке. Сюжет начинается с переброски Аксенова из одного региона в другой, что отражает переменчивость ситуации на фронтах и внутри страны. Его перевод сопровождается возложением новых обязанностей, в том числе созданием отделов политической разведки и участием в мирных переговорах. В книге описываются задачи, с которыми сталкивается главный герой, включая выявление и ликвидацию шпионских групп, организацию спецопераций и решение кадровых вопросов в органах госбезопасности. В ходе повествования разворачиваются важные события, связанные с расследованием преступлений интервентов и белогвардейцев, внутренними интригами в окружении власти, а также попытками сохранить стабильность в нестабильной обстановке.

Герою приходится искать компромиссы между требованиями начальства и реальной ситуацией на местах, что приводит к сложным моральным и профессиональным выборам. В книге также затрагиваются вопросы взаимодействия разведывательных и контрразведывательных структур, а также сложности решения партийных и военных задач в условиях войны. Основной конфликт связан с необходимостью сокращать внутренние угрозы и одновременно разбираться с внешними врагами страны. Аксенов сталкивается с проблемой выявления изменников и шпионов в собственных рядах, а также с трудностями управления и организационной перестройки в новых условиях. Он действует, опираясь на распоряжения вышестоящих лиц, но одновременно должен учитывать меняющуюся политическую ситуацию и собственную ответственность за результаты работы. К концу книги внимание сосредоточено на итогах работы героя и общем положении органов безопасности в тот период. В центре внимания остаются вопросы сохранения государственной безопасности, предотвращения заговоров и укрепления позиций нового политического строя. Главный герой делает выбор в сложной ситуации, стараясь справиться с поставленными задачами несмотря на внешние и внутренние вызовы, отражающие реальные проблемы становления советской системы.