Крепость Михаила Александровича Михеева повествует о военном конфликте, развернувшемся в далеком будущем. В центре сюжета находится адмирал Титов, который возвращается домой после тяжелых поражений во флотской войне. Его флот потерял большую часть боевых кораблей, что ставит под угрозу дальнейшее сопротивление. Главный герой сталкивается с необходимостью переосмыслить стратегию и найти новые пути борьбы в сложной ситуации. События начинаются с того, что Титов и его подчиненные анализируют последствия поражения и пытаются определить дальнейшие шаги. В основе сюжета лежит идея автономных действий за линией фронта, которую выдвигает адмирал Эбергард. Он считает, что можно использовать малые, хорошо подготовленные отряды для проведения рейдов против противника. Эта стратегия подразумевает риск, но также и возможность изменить ход войны. Действие развивается вокруг планирования и подготовки к операциям в тылу врага. Адмиралы обсуждают выбор кораблей, подходящих для подобных рейдов, и необходимость сохранения тайны.

Одновременно описывается социально-экономическая ситуация в России, где основная масса населения испытывает тяжелые условия жизни. Это создает дополнительные трудности для мобилизации ресурсов и кадров. Война осложняется внутренними проблемами управления и неравномерным распределением сил. По мере развития сюжета главные герои сталкиваются с проблемами дефицита экипажей, необходимостью пополнения запасов и поддержания технической готовности флота. Их решения связаны с применением нестандартных методов ведения войны, в том числе с использованием небольших мобильных баз и временной связи для координации действий. В конечном итоге, сюжет сосредоточен на том, как сохранить боеспособность и найти способы сопротивления внешнему давлению. Книга отражает тему выбора между рискованными операциями и сохранением остатков сил, а также проблему адаптации к новой военной реальности. Главные персонажи пытаются объединить стратегию и тактику для достижения целей в условиях кризиса. Их решения влияют на дальнейшее развитие конфликта и судьбу страны в целом.