Высший орган церковного управления — Поместный Собор, созываемый по мере необходимости. В работе Собора участвуют как священнослужители, так и миряне (активные участники приходской жизни). Исключительным правом Собора является избрание патриарха, чьё служение является пожизненным, и, по представлению избранного патриарха, половины членов Синода, руководящего органа, действующего при патриархе. Вторую половину членов Синода сам же патриарх и назначает.

Созывает Поместный Собор патриарх, если Собор созывается для избрания патриарха, он созывается Синодом.

Территориально церковь делится на епархии, епархии — на благочиния, благочиния — на приходы. Как правило, территории епархий совпадают с территориями земель, благочиний — с уездами и городами, приходов — с волостями или отдельными сёлами. Несколько соседних епархий могут быть объединены в экзархию под управлением экзарха в сане митрополита.

Епархию возглавляет епископ (или архиепископ, особо важную епархию может возглавлять митрополит). Епископы назначаются патриархом и Синодом по предварительному обсуждению кандидатур с представителями священства и мирян епархии. При епископе действует епархиальный совет, половину членов которого назначает епископ, вторую половину избирают в благочиниях.

Благочиние возглавляет благочинный, назначаемый епископом. Как правило, это настоятель крупнейшего в благочинии храма или самый уважаемый и авторитетный священник. С ним взаимодействует совет благочиния, половину членов которого назначает сам благочинный, вторую половину избирают в приходах.

Приход составляют постоянные прихожане одного храма, избирающие по представлению настоятеля храма приходского старосту и приходской совет, помогающие настоятелю в решении хозяйственных вопросов.

5.2. Монастыри. Находящиеся в епархии монастыри подчинены особому монастырскому благочинию, за исключением монастырей ставропигиальных, т.е. находящихся в ведении патриарха и Синода. Монастырское землевладение ограничено потребностями самого монастыря и возможностями монахов и монахинь обрабатывать землю, поэтому зерно монастыри обычно покупают на стороне, предпочитая заниматься огородничеством, садоводством, пчеловодством или рыбным промыслом. Многие монастыри имеют мелкое ремесленное производство силами самих насельников и насельниц.

5.3. Особые учреждения в церкви. Служением армейских и флотских священников руководят особые управления военного и военно-морского протопресвитеров при Синоде, но содержатся священнослужители армии и флота за казённый счёт.