При приближении французов король покинул Неаполь и удалился на Сицилию, оставив управление королевством в руках князя Пиньятелли. Население этого большого города было охвачено брожением; не доверяя солдатам, толпы лаццарони ворвались в арсенал и разобрали оружие, чтобы защищать столицу. 16 января они выбрали князя Молинтерно своим главным начальником и овладели фортом Сент-Эльм. Все действия сопровождались криками: «Да здравствует св. Януарий, да здравствует Иисус Христос, да здравствует король Фердинанд!» Живущих в городе французов избивали на улицах; несколько домов было разграблено. Между тем, дворянство и богатая буржуазия, которым открыто угрожали за приверженность к французам, посмотрев на разгул фанатиков и черни, начала втайне переписывавшимся с французским главнокомандующим. 22-го армия приблизилась к городу. 23-го патриоты, во главе которых находился князь Молинтерно, ставший уже подозрительным для лаццарони, овладели фортом Сент-Эльм. Французы вошли в Неаполь. Многочисленная партия республиканцев подняла голову, а настроения среди лаццарони изменились. 24 января главнокомандующим было составлено временное правительство из 21 «патриота». Немного спустя была провозглашена Партенопейская республика, подконтрольная французам, и поход на юг Италии закончился.
Директория не утвердила соглашения от 10 января. Это, а также административные соображения побудили ее отозвать Жубера и вверить командование Итальянской армией генералу Макдональду. Австриец Макк, которого неаполитанцы успели возненавидеть, был взят в плен и отправлен в Париж.
Жубер собрался вернуться в Париж. Однако дорогой ему оставалось решить ещё и проблему Венеции. Венецианцы всегда проводили двуличную политику, втайне помогая врагам Франции; пришло время дать за это ответ. И Жубер явился в Венецию 18 февраля в сопровождении двух полубригад и кавалерийского полка.
Французский посланник представил его сенату. Сенаторы униженно оправдывались, предлагая французам все возмещения, какие они пожелают. Эмиссары Сената пытались подкупать всех, от кого хоть что-то зависит. Но все оказалось бесполезным. Они не знали, что по плану Директории эта республика должна была быть передана австрийцам в виде «компенсации» за те приобретения, которые сама Франция сделала на Апеннинах.
Пытаясь спасти свою независимость, венецианский сенат отправлял курьера за курьером в Париж, предоставив крупные суммы в распоряжение своего посланника в надежде склонить на свою сторону вожаков Директории. И действительно, венецианскому посланнику, раздавшему переводных векселей на 10 миллионов франков, удалось добиться приказаний, которых он просил. Однако Жубер сумел расстроить эту интригу: у него в руках оказался список тех, кому были розданы деньги в Париже. Он аннулировал все своей властью.