Важным периодом в истории Чосона стал конец XVI века: в 1592–1598 годах шла корейско-японская Имджинская война и весь полуостров превратился в поле боя. Ценой колоссальных потерь корейцам удалось одержать верх. Немалую роль сыграл и Китай, где правила династия Мин (1368–1644), который также отправлял свои войска для обороны Кореи на правах «старшего государства».

В XVII веке династия Мин пала, и на смену ей пришла маньчжурская династия Цин, провозгласившая новую империю (1644–1912). В XVII–XVIII веках отношения между Чосоном и Цин были напряженные и в Корее господствовала идеология «Малого Китая», согласно которой Чосон позиционировал себя как последнее истинно правильное конфуцианское государство на Дальнем Востоке. Чосон добровольно отказался от иноземных контактов и превратился в «королевство-отшельник» (hermit kingdom). В XVI–XVIII веках среди корейской интеллектуальной элиты все чаще говорили о том, что экзаменационная системакваго , на основе которой отсеивали кандидатов на государственные должности и которая преимущественно опиралась на воспроизведение конфуцианской классики, не подходит для справедливого отбора чиновничьих кадров. Конфуцианство считали закостеневшим пережитком прошлого и вместо него хотели видеть в системе образования науки о сельском хозяйстве, экономику, математику. Эта идея позднее получила названиесирхак — «реальные науки». Ее сторонники критиковали не только конфуцианство, но и буддизм и, конечно же, шаманизм.

В конце XVIII — начале XIX века на полуострове стало распространяться христианство. Оно конфликтовало с конфуцианством, и это привело к массовым гонениям на христиан, казням и ссылкам. Кроме того, позиция «королевства-отшельника» ослабила корейскую экономику и не позволяла стране конкурировать с Китаем, Японией и западными державами, которые в XIX веке обратили на полуостров свое внимание. В 1876 году Японская империя подписала с Чосоном неравноправный Канхваский договор, предполагавший открытие границ для торговли. Вскоре и другие государства заключили с Чосоном аналогичные соглашения. Так корейцы вступили на шаткую дорожку модернизации, слишком поздней и быстрой; простой народ, конечно же, не мог понять, что происходит, и продолжал цепляться за традиционные верования и просить духов о помощи. В конце XIX века, после открытия границ, на Корейский полуостров хлынул поток западных миссионеров, они основывали школы, сиротские приюты, больницы. В 1897 году король Коджон (король с 1863 по 1897 год, император с 1897 по 1907 год) принял решение об изменении статуса государства, и королевство Великий Чосон стало Великоханской империей — Тэхан чегук.