Дальнейшему возвышению Мазепы послужил неудачный поход на Крым князя Василия Голицына — фаворита царевны Софьи. Мазепа сразу убил двух зайцев — «обелил» Голицына, виновного в неудачном походе, заодно «свалив» гетмана Самойловича, возложив ответственность на своих же казаков, а также запорожцев{136} . Это еще раз свидетельствует о его отношении к казакам.
В результате 25 июля 1687 года Мазепа стал гетманом Левобережной Украины, дав присягу на Евангелии и кресте. Под давлением князя Голицына собранная по случаю выборов нового гетмана Рада избрала Мазепу якобы добровольно{137} . Однако казаки цену Мазепе знали{138} ; его клевета настолько возмутила их, что въехать в гетманскую резиденцию Батурин ему удалось лишь при помощи русских войск.
Несмотря на то что Петр I старательно избавлялся от тех, кто верно служил царевне Софье, Мазепа ему понравился — прежде всего в пользу Мазепы сыграли удачные действия казаков при взятии Азова.
Гетман был прекрасно осведомлен о сложных отношениях патриарха Адриана с царем. Поэтому он так уверенно, пользуясь тем, что гетманская власть на Украине традиционно имела значительное влияние и в церковной иерархии, вступил в конфликт с патриархом Адрианом в защиту хиротонии некоего Дионисия Жабокритского в луцкие епископы. Тем более что позиция царя была четко обозначена{139} . Однако патриарху Адриану удалось отстоять запрет на хиротонию, сославшись на позицию остальных православных патриархов, прежде всего иерусалимского Досифея. Все это не лучшим образом сказалось на авторитете гетмана. Впрочем, в связи с неудачным началом войны со Швецией Петру I было явно не до луцкой кафедры. Не лучшим образом отразились на авторитете Мазепы в церковных делах и переход в 1700 году в унию львовского епископа Иосифа Шумлянского{140} , и аналогичный поступок так и не утвержденного Дионисия Жабокритского в 1702 году{141} . Несомненно, что иерархи православной церкви, предававшие анафеме Мазепу после его измены, припомнили его поддержку изменника Жабокритского. По крайней мере в грамотах на имя кошевого Запорожской Сечи Константина Гордиенко в качестве одного из пунктов, составляющих измену Мазепы, было названо его намерение «церкви святые и монастыри превратить в римскую и униатскую веру»{142} .
Когда в начале Северной войны, как пишет А. Широкорад, «казаки в походе терпели страшные лишения, и не столько от противника, сколько от воровства московских воевод»{143} , виновным в этом они считали Мазепу. Вернувшись на Украину, они поведали всем о тех лишениях, которые пришлось вынести. Недовольство гетманом усиливалось. Особенно волновался Полтавский полк Ивана Искры, располагавшийся на границе Малороссии и земель Запорожской Сечи.