В это время и случился казус с Мазепой и Матреной Кочубей. Связан ли донос царю отца Матрены Василия Кочубея с обидой на гетмана или это было сделано из преданности, сказать сложно. Скорее всего и то, и другое. Историк казачества Б. Алмазов объясняет это столкновением европейского и азиатского мышления, отсюда и «азиатская этическая норма — преданность, присущая Кочубею», который верой и правдой служил царю, исполняя долг генерального судьи. «Ему вменялось в обязанность следить за точным исполнением предписаний и законов, указов и распоряжений царя. Но ведь эта должность не мешала его преемнику Чуйкевичу служить не царю, а Мазепе... И мстил Кочубей совершенно в традициях азиатского менталитета»{144} . Безусловно, Кочубей знал или подозревал не без оснований о некоторых тайных переговорах гетмана со сторонниками шведского ставленника Лещинского и с самим Карлом XII. Будучи азиатом по менталитету и православным по духу, Кочубей прекрасно понимал, что можно ожидать от католической Польши и лютеранской Швеции — в лучшем случае уния, то есть возврат к XVI веку. Пренебрежительное попрание Мазепой одного из главных краеугольных камней казачьего православия — таинства крещения — лишь укрепило уверенность Кочубея в своей правоте, тем более что этот поступок гетмана коснулся непосредственно самого генерального судьи и его дочери. Кочубей пишет один донос царю, за ним вдогонку отправляет второй царевичу Алексею, уже совместно с полтавским полковником Искрой, с просьбой донести свои опасения в отношении Мазепы до отца. Но Петр, зная о мятежности казачьей старшины, безоговорочно верит гетману, расценивает доносы как клевету и приказывает пытать доносчиков, а те не смогли представить серьезные улики против Мазепы, под пыткой признались, что солгали, и были переданы на расправу ему же. И здесь Мазепа совершает второй,с точки зрения казачьей православной философии, опрометчивый поступок — он казнит отца своей крестной. Мог ли Мазепа избежать личной причастности к казни? Вероятно, мог. Только он особо и не размышлял на эту тему. Гетман прекрасно понимал, что донос справедлив, страх перед возможным возмездием царя был велик, поэтому он, не раздумывая, приказал отрубить головы Кочубею и Искре, что и было сделано 14 июля 1708 года в местечке Борщаговка неподалеку от Белой Церкви. Несчастная Матрена Кочубей выдается замуж за Семена Чуйкевича{145} , и отец последнего принимает должность казненного генерального судьи. Имения Кочубея конфискуются, а его вдова Любовь Кочубей содержится под стражей в Батурине.