После похищения руна Медея вместе с Ясоном и остальными аргонавтами пустились в бега на «Арго» (корабле аргонавтов). С собой они взяли младшего брата волшебницы Апсирта. В погоню за ними отправился отец Медеи. Чтобы оторваться от отца, она убила своего брата и выбросила в воду его разрубленное на части тело. Медея знала, что отец не сможет проплыть мимо своего изрубленного чада. Другая, менее кровавая версия этого эпизода рассказывает, что Апсирт просто бросился в погоню за «Арго». Но волшебница заманила его в ловушку, где его убил Ясон.

Свои способности Медея проявляла главным образом во врачевании (она излечила аргонавта Аталанту) и пророчестве (напророчила Евфему власть над Ливией).

На борту корабля Медея вышла замуж за Ясона, так как феаки (народ с острова Схерия) требовали выдать беглянку, если она еще не стала супругой Ясона. Затем они поплыли к тетке Медеи Цирцее, которая провела обряд очищения молодоженов от греха убийства.

Корабль аргонавтов причалил к Криту, но остров охранял бронзовый человек по имени Талос. У него была одна единственная вена, что проходила от лодыжки и до шеи, заткнутая бронзовым гвоздем. Медея опоила Талоса травами. Потом она внушила ему, что может сделать его бессмертным, но для этого необходимо вынуть бронзовый гвоздь, что она и сделала. После этого Талос умер от потери крови. По другой версии, после трав он обезумел и вынул гвоздь сам.

Когда аргонавты добрались до Иолка, где Ясон должен был занять трон после получения золотого руна, дядя Пелий отказался уступать племяннику престол. Медея решила эту проблему, обманув дочерей царя. Она сообщила, что может омолодить их отца, но для этого его нужно изрубить и бросить в кипящий котел. В доказательство своих слов она продемонстрировала этот ритуал на козленке, затем воскресив его. Понятное дело, со стариком этого не получилось.

За свое колдовство Медее все же пришлось однажды поплатиться. Она была изгнана из Афин, уличенная как колдунья и убийца. Согласно мифам, Медея часто совершала путешествия по небу, на драконах или самостоятельно.

Подобно древним шумерам, были у греков и мысли по поводу борьбы с колдовством. Например, один из столпов античной философии Платон в своем произведении «Законы» пишет: «Если окажется, что человек из-за своих магических узлов, заговоров и заклинаний уподобился тому, кто наносит другому вред, пусть он умрет, если он прорицатель или гадальщик. Если же он чужд искусства прорицания и все-таки будет уличен в ворожбе, пусть его постигнет та же участь, что и отравителя из числа обычных людей; пусть суд решит, какому наказанию его следует подвергнуть». К слову, этот труд Платона считается его более реалистичным проектом совершенной державы в противовес идеальному проекту из «Государства».