Если дело ведьмы было недоказуемым, то ее надлежало отпустить или наказать, не прибегая к смертной казни. Жертву могли в таком случае клеймить, оставить без имущества, заставить публично покаяться или заключить пожизненно. Боден допускал по отношению к ведьмам любые способы наказаний, кроме изгнания, так как такая ведьма могла затеряться в другом городе и продолжать нарушать естественный порядок. К изгнанию из страны можно было прибегнуть, если посвятивший себя Сатане, но не заключавший с ним договора был при этом пастором или священником.

Также смягчение наказания могло наступить, если обвиняемый не достиг совершеннолетия (18 лет). Однако это «смягчение» было несущественным: ведь сожжение в этом случае заменялось повешением.

Несмотря на всю ненависть, испытываемую Боденом к ведьмам и колдунам, он считал, что судья при вынесении приговора должен руководствоваться прежде всего вредом, который принесла та или иная ведьма. Чем-то это напоминает античное отношение к ведьмам, но отличие в том, что для Бодена не существовало мирного колдовства, кроме астрологии, которая и колдовством-то признается с натяжкой. Именно поэтому для него были так ненавистны те, кто сознательно пошел по пути служения Сатане и нарушения естественного порядка. Таких отъявленных грешников и стоило судить со всей строгостью. Боден допускал, чтобы по отношению к «колдунам-куртизанам» применялись пытки. Причем делать это нужно было в обязательном порядке, а казнили их через распятие. Подробности казней вписаны в его систему классификации ведьм. Но были у Бодена и просчеты. Например, для колдунов-магистров он предлагал «строгое наказание», но не объяснял, в чем его суть, а из-за того, что все наказанные потом умирали, то степень тяжести наказаний оценить было трудно. Опасными преступницами считались и ведьмы-матери. Боден считал, что ведьмы, подписавшие контракт, обязуются в нем вербовать новых ведьм в свою «секту». Так как дьяволу нельзя было отказать, а в секту никто особо не рвался, то ведьмам приходилось вовлекать своих родственников, в основном дочерей. Такая дочь могла получить прощение только в том случае, если давала показания на свою мать.

Стоит сказать, что дочери ведьм были одной из малочисленных групп, раскаяние которых могли принять. Если же ведьма или колдун делали это в суде, то Боден строго запрещал оставлять их без наказания, так как это раскаяние могло быть вызвано насилием. По старой традиции охоты на ведьм недобровольным было только раскаяние под пытками, а сведения, полученные аналогичным способом, считались правдивыми. Однако покаяние в суде все же принималось, но только в том случае, если человек сам придет в суд и будет свидетельствовать против себя самого. Правда, выпускали его только под обещание выдать своих сообщников. Для Бодена такие личности были крайне уважаемыми. Он называл их «людьми порядка», имеющими такую волю к службе, что беспорядок, который они сеют в мире, настолько мал, что закон может пойти им навстречу.